自中國鐵路總公司、國家鐵路局成立，我國鐵路改革邁出實質性一步。然而，改革是一個循序漸進、持續改進和永無止境的過程。后續的體制改革和機制轉換仍然任重而道遠。當前，鐵路改革最緊迫的議程當屬適應市場需求的營銷機制和運輸組織方式的構筑。適應市場經濟要求的有效企業法人治理結構的構建也應在推進中。
構建有效治理結構可以通過運輸組織模式改革為契機，以企業化經營文化建設為氛圍，以國外鐵路發展、改革為借鑒。鐵路建設和運營兼具正外部性、公益性和經營性，政府在正外部性和公益性方面應起主導作用；而經營性則說明鐵路行業可選擇企業化模式來運作。縱觀國內外鐵路發展史，伴隨工業化的發端和發展，鐵路是政府介入最多、干預最多、管制最多的行業。無須說十九世紀美國各級政府對鐵路建設約73萬平方公里沿線土地的轉讓政策；無須說各國政府對鐵路建設的資金支持和金融支持；無須說大部分國家曾經對鐵路的國有化階段，即使是現在，經過了鐵路民營化浪潮的世界鐵路，仍然有美國客運、日本貨運及三島三個客運公司、俄鐵、印鐵、歐洲絕大部分線路公司等基本為國有或政府控股，但即使國有，也基本采取相對獨立化企業經營的模式。
中國和印度曾經是僅存的兩個保持政企合一運作模式的國家。兩國鐵路經營業績卻不差。盡管如此，隨著替代運輸方式的興起，鐵路運輸市場份額持續下行，政企合一模式最終會帶來更高的財政負擔、大鍋飯和平均主義意識嚴重、行政本位經營文化盛行等弊病，由此政企分開是鐵路改革方向。
雖然我國鐵路總體效率很高，但考慮到我國每公里鐵路職工數約是美國的27倍、日本的5倍、德國的3倍，則人均效率和總體效益都還有提升空間。我國鐵路內部競爭機制還未形成，成為未來鐵路改革方向之一。引入民間資本和民營企業進入鐵路建設和運營可以成為引入競爭力量的新突破。
當然，我國鐵路目前較低的整體收益率決定了引入民間資本或民營企業只能從城際鐵路、資源開發線等有穩定預期現金流資產領域開放產權，即需要進行資產剝離、運作或重組，對路網干線需要維持公共控股。同時，中國鐵路總公司作為獨立法人與18個具有法人地位的鐵路運輸企業之間的產權、調度權、經營權成為鐵路改革的核心內容。針對當前鐵路運輸面臨的嚴峻形勢，由總公司出臺過口清算辦法成為成本較小的制度安排。同時，總公司對各運輸企業進行規范、監督、指導和協調以及跨局運輸集中統一指揮、提供統一跨局運輸服務平臺對于規范運輸服務、統一服務標準、提高安全效率都有積極作用。當然，管內運輸組織及調度指揮、組織機構人事、開發運輸產品、營銷運價政策實施、物資采購、資產運營以及計劃、財務、勞資、用工等方面的權利和責任應對等地下移到路局企業。爭取做到，路局企業自主開發能靈活適應市場需求的運輸新產品；自主決定擴大或縮小多元化經營規模；更多管內運輸能力調配權；自主設定內部組織結構；自主勞動用工制度試點。