據中國之聲《央廣新聞》報道，杭州經適房上市交易及回購今天開閘，《實施意見》中設置的老房老辦法，新房新辦法等諸多操作細節引發爭議。
在《意見》中規定的利益分配細則的爭議是最多的。按照規定，杭州市經濟適用房以2004年9月1日這個時間作為土地收益等價款繳納比例的分界點，2004年9月1日之后購買經濟適用房在交易時須按照屆時公布的評估價和當初購房差價的55%，向政府繳納土地收益等價款。
一個是時間的確定，許多業主認為不合理，同樣是經濟適用房，為什么要區分時間？2004年9月1號之前是按照杭州市區經濟適用住房上市交易計繳土地出讓金等相關費用來繳納相關費用的。如果說是一套60平米的經適房，那么他可能只要交幾千塊錢的費用。如果在這個時間之后房子就要按照市場價繳納幾十萬的費用。
另外一個是分配比例設置的問題，有專家認為不完整產權中業主占多少產權，政府占多少產權，最初的時候是沒有一個約定的，但是如果最初有約定的話，按照產權比例來分配就可以了。但是也有不少人擔心，經濟適用房入市以后且差價55%要歸政府，將有可能更大地刺激地方政府大力發展房地產的欲望。
據杭州市住房保障和房產管理局相關的負責人介紹，將2004年9月1日作為土地收益等價款繳納比例的分界點，是基于杭州市經濟適用房的歷史的沿革。杭州從正式建立經濟適用住房制度至今已經有14個年頭了，隨著國家住房政策的調整，經濟適用住房的性質也在不斷調整，所以說在制定政策中對于利益進行了政策修正，是為了體現尊重歷史的沿革、兼顧相對公平的思路。